Ursprünglich war die Martin-Luther-Kirche eine katholische Pfarrkirche und wird unter dem Namen St. Thomas erstmals 1272 genannt. Seit 1309 war sie dem Kloster Hornbach inkorporiert.

Etwa 1525 reformierte die Pfarrei zu Zweibrücken und acht Jahre später wurden in der katholischen Kirche St. Thomas evangelisch-lutherische Gottesdienste abgehalten. Eine Tragödie geschah 1641 als der reformierte Pfarrer "Gelan" auf der Kirchentreppe von kroatischen Truppen erstochen wurde.

Eine Inschrifttafel vom Jahre 1906, referiert die Geschichte der Kirche:

Der Turm und der Chor sind uralte Reste einer im 30-jährigen Krieg zerstörten Kirche. Nach dem Krieg wurde sie wieder neu erbaut und 1689 unter Frankreichs Schutz Simultankirche. Wegen Baufälligkeit mußte sie 1784 wieder abgerissen werden.

Die Kirche in ihrer jetzigen Gestalt ist das Werk des Herzogs Karl II., der 1784 - 1785 nach Plänen von Baudirektor F.G. Wahl das Schiff, ein frühklassizistischer Saalbau, und die Sakristei an den Turm anbaute.

Die Auflösung des Silmultaneums geschah im Jahre 1905, nachdem die neue katholische Kirche fertiggestellt war. Seitdem war sie ausschließlich protestantische Kirche die im Jahre 1906 und 1956 restauriert wurde.  Die nach dem 30-jährigen Krieg aufgehängte Glocke wurde um 1731 durch zwei weitere ergänzt. Zwei Glocken wurden in den Jahren 1807 und 1827 nochmals gegossen und ergänzen das heute aus vier Glocken bestehende Läutwerk.

Eine historische Ausstattung besitzt die Kirche mit einer Orgel, die von Karl und Franz Heinrich Stumm aus Rhaunen-Sulzbach im Jahre 1843 eingebaut wurde.